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新生児は通常、生後24時間以内に医療専門職による総合的な身体診察を受けます。
診察は、まず体重、身長、頭囲などの測定から始めます。新生児の平均出生体重は約3200グラム、平均出生身長は約51センチメートルですが、正常と考えられる範囲には大きな幅があります。それから新生児の皮膚、頭頸部、心臓と肺、腹部と性器を調べ、神経系と反射を評価します。また、身体診察では見つけられない異常を見つけるため、通常、スクリーニング検査を行います。
皮膚
医師は皮膚を調べ、特に皮膚の色に注意を払います。新生児の皮膚は普通赤みを帯びていますが、手や足の指は最初の数時間は血行が不十分なため青みがかっていることが一般的です。分娩中に強く圧迫された部分に赤紫色の斑点（点状出血）がときにみられます。しかし、体全体にみられる点状出血は、何かの病気の徴候である可能性があり、医師の診察を受ける必要があります。数日のうちに、乾燥や落屑（らくせつ）が生じることが多く、特に手首や足首のしわの部分によくみられます。
多くの新生児で、生後約24時間に発疹が現れます。この発疹は中毒性紅斑といい、平たく赤い斑点で通常、にきびに似た白い隆起が中央にあります。中毒性紅斑は害がなく、7日から14日で消えます。
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頭頸部
（顔面、骨、関節、および筋肉の先天異常も参照のこと。）
新生児の頭部、顔面、および頸部に異常がないかを確認するため、医療専門職による診察が行われます。いくつかの異常は分娩中に起こります。先天異常に由来するものもあります。
正常な頭位分娩では、その後数日間、新生児の頭部の形にゆがみがみられることがあります（円錐形に見えたり、平坦に見えたりする箇所があります）。これは頭蓋（とうがい）を形成している骨が重なり合っているためで、分娩時に頭が圧縮されても大丈夫な仕組みになっています。頭皮に腫れや皮下出血がみられることもあります。ときに頭蓋の骨の1つから出血してその上の皮膚に小さいこぶをつくることがありますが、これは数カ月で消えます（頭血腫といいます）。
新生児が殿部、性器、脚側から先に生まれた（骨盤位分娩）場合、通常頭のゆがみはみられません。しかし、殿部、性器、脚に腫れや皮下出血がみられることがあります。骨盤位の場合は、分娩時の胎児への損傷リスクを最小限にするために、経腟分娩ではなく、帝王切開術（妊婦の腹部と子宮を切開して胎児を取り出す手術）が通常勧められます。
経腟（けいちつ）分娩時に受けた圧迫のために、新生児の顔面に皮下出血ができる場合があります。また、産道を通る際の圧迫で、新生児の顔が最初はゆがんで非対称になっていることもあります。まれに、この顔面の非対称は、分娩時に顔面の筋肉を支配している神経の一部が障害を受けたことが原因で起こります。これらは、生後数週間のうちに徐々に回復します。
分娩の経過により、新生児の目に結膜下出血（眼の表面にある血管の破れ）が起こることもあります。結膜下出血はよくみられ、治療の必要はなく、一般的には2週間以内に消えます。
また、耳を調べ、特に形と位置が正常かに注意を払います。例えば、位置が低い場合や形に異常がある場合は、遺伝性の病気や難聴があるかもしれません。
さらに口に異常がないか調べます。まれに、出生時にもう歯が生えていて抜歯しなければいけない場合や、口唇裂や口蓋裂がみられる場合があります。新生児にエプーリス（歯肉の良性腫瘍）がないか調べますが、これはエプーリスによって母乳や人工乳を飲みにくくなったり、気道が閉塞されたりすることがあるためです。
頸部に腫れ、かたまりやねじれ、筋肉のけいれんがないか調べます。
心臓と肺
（心臓の先天異常も参照のこと。）
聴診器を用いて心臓と肺に異常がないかどうかを調べます。心臓や肺の異常な音は、心雑音や肺うっ血である場合があります。
新生児の皮膚の色を調べます。顔と体幹の色が青い場合、心臓または肺の先天性の病気の徴候であることがあります。
脈拍の数とその強さも調べます。新生児の呼吸状態を観察し、1分間の呼吸回数を数えます。呼吸とともにうめき声が聞こえる、鼻の穴が大きく広がる、また、呼吸が早すぎるもしくは遅すぎるという状態は、問題の徴候である可能性があります。
腹部と性器
（消化管の特定の先天異常および尿路と性器の先天異常も参照のこと。）
新生児の腹部全体の形を調べ、同様に、腎臓や肝臓、脾臓などの内臓の大きさ、形、位置をチェックします。腎臓が大きい場合、尿の流出が妨げられている場合があります。
性器を診察し、尿道（排尿時に膀胱から尿が通過する管）が開いていて正しい位置にあることを確認します。性器は、男性か女性かをはっきりと確認するためにも調べられます。男児の場合、精巣が陰嚢の中におさまっていなくてはなりません。女児の場合、陰唇が目立ちますが、これは母親の胎内でホルモンにさらされたために腫れたもので、数週間続きます。腟から血液と粘液を含む分泌物がみられますがこれは正常です。まれに、新生児の性器が男性か女性かがはっきりしないことがあり（性別不明性器）、この場合はさらなる評価が必要になります。
肛門についても診察し、位置が正常か、排便のための穴がきちんとあいているかどうかを確認します。
神経系
（脳と脊髄の先天異常も参照のこと。）
新生児の意識レベル、筋肉の緊張度、腕と脚を左右同じように動かせるかを観察します。左右差のある動きは、神経の異常（神経麻痺）の徴候である可能性があります。
様々な手技で新生児の反射を調べます。新生児にとって最も重要な反射は、モロー反射、探索反射、吸啜（きゅうてつ）反射です。
筋肉と骨
（顔面、骨、関節、および筋肉の先天異常も参照のこと。）
新生児の腕、脚、股関節の柔軟性と可動性を調べ、分娩中に股関節脱臼やどこかに骨折がみられないかを確認します（分娩時の骨折として最もよくみられるのは鎖骨骨折で、これは通常数週間以内に完全に治癒します）。すべての肢と関節について、変形や欠損がないかを確認します。
脊椎の欠損や変形がないかも調べます（二分脊椎など）。
