Eine Magensaftanalyse wird heutzutage nur selten durgeführt. Wird sie dennoch veranlasst, werden Proben aus dem Mageninhalt über eine transnasale Magensonde gewonnen und zur Bestimmung der basalen und stimulierten Magensäureausscheidung verwandt. Diese Information ist nützlich bei einem Patienten, der ein Ulkusrezidiv nach einer operativen Vagotomie zur Behandlung seiner Ulkuskrankheit erlitten hat. In diesen Fällen weist eine positive Säurereaktion auf eine Stimulation (Scheinmahlzeit) auf eine inkomplette Vagotomie hin.
Der Test wird auch angewandt, um Patienten mit erhöhten Serumgastrinspiegeln abzuklären. Hyperchlorhydrie in Gegenwart eines erhöhten Gastrins weist gewöhnlich auf Zollinger-Ellison-Syndrom hin. Eine Hypochlorhydrie in Gegenwart von erhöhtem Gastrin zeigt eine Verminderung der Säureproduktion an, wie sie bei perniziöser Anämie, atrophischer Gastritis, einem Morbus Ménétrier und nach Hemmung der Magensäuresekretion durch potente antisekretorische Medikamente vorkommt.
Um eine Magensaftanalyse durchzuführen, wird eine transnasale Magensonde eingeführt, Mageninhalt aspiriert und zunächst verworfen. Der Magensaft wird anschließend für eine Stunde gesammelt und in vier 15-Minuten-Proben aufgeteilt. Diese Proben stellen die basale Säuresekretion dar.
Eine Magenanalyse kann auch während der Katheter-basierten Ösophagus-pH-Überwachung durchgeführt werden.
Komplikationen der Magenanalyse sind sehr selten.