Cultura

A coleta das amostras é importante. Para o diagnóstico de doenças infecciosas, a regra de ouro é obter uma amostra do local da infecção. Para as lesões epidérmicas, obter a amostra da borda, não do centro.

O uso de swabs é desencorajado. Mas ao utilizar um swab, é preferível utilizar o de nylon porque este pode recuperar mais material. Os swabs utilizados para coletar material para os testes moleculares devem ser compatíveis com o teste molecular específico para o qual se destinam. O tipo incorreto de cotonete pode produzir resultados falso-negativos. Swabs com hastes de madeira são tóxicos para alguns vírus. Swabs com pontas de algodão são tóxicos para algumas bactérias, como as clamídias.

As hemoculturas exigem a realização de assepsia e antissepsia da pele (p. ex., swab com povidona, deixar secar e remover com álcool a 70%). Múltiplas amostras, cada uma de um local diferente são geralmente utilizadas; elas são coletadas o mais perto possível dos picos febris, se for viável. Uma flora normal de pele que cresce apenas em uma amostra de sangue costuma ser interpretada como contaminação.

Se uma amostra é obtida a partir de um catéter central, uma outra amostra de sangue periférico deve ser obtida para auxiliar na diferenciação de bacteremia sistêmica da infecção de catéter. Em geral, culturas de catéteres infectados tornam-se positivas com mais frequência e contêm mais organismos do que culturas de sangue periférico coletado simultaneamente. Alguns fungos, em particular com brotamentos (p. ex., Aspergillus spp) geralmente não podem ser cultivados a partir do sangue.

As amostras devem ser transportadas rapidamente, no meio correto, em condições que limitem o crescimento da flora normal potencialmente contaminada. Para quantificar o patógeno de forma adequada, patógenos adicionais devem ser evitados; as amostras devem ser transportadas imediatamente ao laboratório ou refrigerados (na maioria dos casos), se o transporte for retardado.

Certas culturas merecem considerações especiais.

Bactérias anaeróbias não devem ser cultivadas de locais em que fazem parte da flora normal, pois a diferenciação de patógenos da flora normal pode ser impossível. As amostras devem ser protegidas do ar, o que pode ser difícil. Para amostras coletadas por swab, o transporte anaeróbio está disponível. Mas as amostras líquidas (p. ex., conteúdo do abcesso) são melhores que as amostras coletadas por swab para a coleta de bactérias anaeróbias. As amostras líquidas devem ser coletadas com uma seringa da qual todo o ar tenha sido removido (para minimizar o contato da amostra com o oxigênio) e enviadas para o laboratório na seringa (tampada sem a agulha) ou transferidas para um frasco de transporte de anaeróbios.

Micobactérias são difíceis de cultivar. Amostras contendo flora normal (p. ex., escarro) devem ser primeiramente descontaminadas e concentradas. Mycobacterium tuberculosis e algumas outras micobactérias crescem lentamente. O crescimento de M. tuberculosis é tipicamente mais rápido no meio líquido do que no sólido; o uso rotineiro de sistemas automatizados como meio líquido pode resultar em um crescimento em até 2 semanas em comparação a ≥ 4 semanas em meio sólido, como no ágar de Lowenstein-Jensen. Além disso, poucos microrganismos podem estar presentes em uma amostra. Várias amostras do mesmo local podem auxiliar no resultado. Deve-se permitir que as amostras cresçam durante 8 semanas antes de serem descartadas. M. ulcerans, que causa úlcera de Buruli, requer até 12 semanas a 32° C em ágar de Lowenstein-Jensen. Se houver suspeita de uma micobactéria atípica, o laboratório deverá ser avisado.

Vírus são geralmente cultivados a partir swabs e amostras de tecidos transportados em meio contendo agentes antibacterianos e antifúngicos. São inoculados em culturas de tecido que dão suporte ao vírus suspeito e inibem todos os outros microrganismos. Vírus altamente lábeis, como varicela zóster, devem ser inoculados em culturas de tecidos dentro de 1 horas após a coleta. Culturas-padrão de tecidos são mais sensíveis. A técnica de cultura em frasco, na qual a amostra é centrifugada em uma monocamada de células dentro de um frasco, fornece resultados mais rápidos (2 dias versus 7 a 14 dias). Alguns vírus comuns não podem ser detectados utilizando métodos de cultura de rotina e exigem métodos alternativos para o diagnóstico (ver tabela Testes diagnósticos para alguns patógenos virais), como:

• Imunoensaio enzimático para o vírus de Epstein-Barr, o vírus das hepatites B e o vírus da hepatite E, o HIV e vírus linfotrópico T humano

• Sorologias para o vírus da hepatite A e o vírus da hepatite D

• Métodos baseados em ácido nucleico para HIV, influenza, vírus sincicial respiratório (VSR), SARS-CoV2

As amostras de fungos obtidas de locais não estéreis devem ser inoculados em meios contendo agentes antibacterianos. Deve-se permitir que as amostras cresçam por 3 a 4 semanas antes de serem consideradas negativas e descartadas.