臨床検査では，微生物を直接的（例，肉眼観察，顕微鏡の使用，培養での微生物の増殖）または間接的（例，微生物に対する抗体の同定）に同定できる可能性がある。一般的な検査の種類としては以下のものがある：
免疫学的検査（ラテックス凝集法などの凝集試験，酵素免疫測定，ウェスタンブロット，沈降試験，補体結合試験）
通常は培養が微生物同定のゴールドスタンダードであるが，結果が判明するまでに数日ないし数週間を要し，また全ての病原体を培養できるとは限らないため，代替試験が有用となる。病原体を培養して同定すれば，抗菌薬に対する感受性も検査室で評価できるようになる。ときに分子生物学的方法を用いて，具体的な耐性遺伝子を検出することも可能である。
一部の検査（例，グラム染色，ルーチンの好気培養）は，広範囲の病原体を検出できるため，感染症が疑われる様々な状況でよく施行される。しかしながら，それらの検査では見逃される病原体もあるため，臨床医は疑われる病原体に対する個々の検査法の限界を認識しておかなければならない。そのような場合，臨床医は疑われる病原体に対する特異的検査（例，特殊な染色法または培地）を要請するか，より特異的な検査法を選択しうるよう検査室に対して疑われる微生物を助言をすべきである。
主な病原細菌に対する診断検査
微生物 | 顕微鏡検査 | 培養 | NAAT | 抗原の検出 | 抗体の検出 |
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Rhodococcus equus | ✓ | ✓ | |||
Rickettsia属 | ✓ | ✓ | |||
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Adapted from Bennett JE, Dolin R, Blaser MJ: Mandell, Douglas, and Bennett's Principles and Practice of Infectious Diseases, 9th Edition.Elsevier, 2020. | |||||
*臨床では広く用いられていない検査。 | |||||
NAAT = 核酸増幅検査 | |||||
主な病原真菌に対する診断検査
微生物 | 顕微鏡検査 | 培養 | NAAT | 抗原の検出 | 抗体の検出 |
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Adapted from Bennett JE, Dolin R, Blaser MJ: Mandell, Douglas, and Bennett's Principles and Practice of Infectious Diseases, 9th Edition.Elsevier, 2020. | |||||
NAAT = 核酸増幅検査 | |||||
主な病原ウイルスに対する診断検査
微生物 | 顕微鏡検査 | 培養 | NAAT | 抗原の検出 | 抗体の検出 |
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BKウイルス | ✓ | ✓ | |||
✓ | ✓ | ||||
✓ | ✓ | ✓ | ✓ | ||
✓ | ✓ | ✓ | |||
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肝炎 A，B，C，D，E | ✓ | ✓ | ✓ | ||
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✓ | ✓ | ||||
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ラクロスウイルス | ✓ | ✓ | |||
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セントルイス脳炎ウイルス | ✓ | ✓ | |||
ダニ媒介性脳炎ウイルス | ✓ | ||||
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Adapted from Bennett JE, Dolin R, Blaser MJ: Mandell, Douglas, and Bennett's Principles and Practice of Infectious Diseases, 9th Edition.Elsevier, 2020. | |||||
* 臨床では広く用いられていない検査。 | |||||
NAAT = 核酸増幅検査 | |||||
主な原虫性および寄生虫性病原体に対する診断検査
微生物 | 顕微鏡検査 | 培養 | NAAT | 抗原の検出 | 抗体の検出 |
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腸管寄生線虫 | ✓ | ✓ | ✓ | ||
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Adapted from Bennett JE, Dolin R, Blaser MJ: Mandell, Douglas, and Bennett's Principles and Practice of Infectious Diseases, 9th Edition.Elsevier, 2020. | |||||
NAAT = 核酸増幅検査 | |||||
