Le malformazioni anatomiche congenite dell'apparato genitourinario sono più frequenti rispetto a quelle che interessano ogni altro organo o sistema.
Le anomalie delle vie urinarie predispongono i pazienti a molte complicanze, comprese infezioni del tratto urinario, ostruzioni, stasi, formazione di calcoli, e alterazione della funzione renale. Anomalie congenite del tratto urinario discusse qui sono
Le anomalie genitali possono causare disfunzione sessuale o della minzione, compromissione della fertilità, difficoltà psicosociali o una combinazione di queste. Le anomalie genitali congenite discusse qui sono
Le anomalie genito-urinarie spesso richiedono un intervento chirurgico.
Molte malformazioni sono attualmente diagnosticate in utero mediante l'ecografia prenatale di routine. Alcune patologie renali congenite (p. es., rene policistico autosomico dominante, rene a spugna midollare, nefrite ereditaria) tipicamente non si manifestano sino all'età adulta.