O baço é fundamental para o funcionamento do sistema imunológico. O baço filtra o sangue, removendo e destruindo bactérias e outros organismos infecciosos presentes na corrente sanguínea. O baço também produz anticorpos (imunoglobulinas). (Consulte também Considerações gerais sobre imunodeficiências.)
As pessoas que nasceram sem o baço, cujo baço tenha sido danificado ou que tenham sido submetidas à sua extração por motivos de doença, apresentam um risco maior de sofrer infecções bacterianas graves.
Pessoas sem baço têm uma necessidade especial de vacinas pneumocócicas e vacinas meningocócicas. Elas podem precisar destas vacinas em momentos diferentes daqueles definidos pelo cronograma de vacinação infantil.
As pessoas que têm uma doença do baço ou que não têm o baço recebem antibióticos logo ao primeiro sinal de infecção. As crianças que não têm baço devem tomar antibióticos, normalmente penicilina ou ampicilina, de forma contínua pelo menos até os 5 anos para se evitar uma infecção na corrente sanguínea. Se também tiverem uma doença decorrente de imunodeficiência, elas poderão tomar esses antibióticos indefinidamente.