Dopo l'isolamento di un microrganismo in coltura, esso deve essere identificato. L'identificazione è importante nel determinare la gestione (p. es., trattamento farmacologico, misure di isolamento). I metodi di identificazione non basati sugli acidi nucleici utilizzano le caratteristiche fenotipiche (funzionali o morfologiche) dei microrganismi piuttosto che l'identificazione genetica.
Le caratteristiche della crescita di un microrganismo sui terreni di coltura, come la grandezza della colonia, il colore e la forma, forniscono indizi per l'identificazione della specie e, associate alla colorazione di Gram, guidano gli ulteriori test.
Sono disponibili numerosi test biochimici; ognuno limitato a microrganismi di un certo tipo (p. es., batteri aerobi o anaerobi). Alcuni valutano la capacità di un microrganismo di utilizzare substrati diversi per la crescita. Altri valutano la presenza o l'attività di enzimi chiave (p. es., coagulasi, catalasi). I test vengono effettuati in maniera sequenziale e i risultati precedenti determinano quale test utilizzare successivamente. Le sequenze dei test sono numerosissime e a volte differiscono tra i laboratori.
I test di identificazione non basati sugli acidi nucleici possono coinvolgere
Metodi manuali
Sistemi automatizzati
Metodi cromatografici
Spettroscopia di massa
Alcuni kit disponibili in commercio contengono una serie di singoli test realizzabili contemporaneamente utilizzando un singolo inoculo di un microrganismo e possono essere utili per una gamma più ampia di microrganismi. I sistemi con test multipli possono essere molto accurati ma possono richiedere diversi giorni per produrre un risultato.
Metodi cromatografici
I componenti o i prodotti microbici vengono separati e identificati usando la cromatografia liquida ad alte prestazioni o la gas-cromatografia. In genere, l'identificazione avviene confrontando un acido grasso del microrganismo su una banca dati.
I metodi cromatografici possono essere utilizzati per identificare batteri aerobi e anaerobi, micobatteri e funghi. L'accuratezza del test dipende dalle condizioni utilizzate per coltivare il campione e dalla qualità della banca dati, che può risultare inadeguata o incompleta.
Spettroscopia di massa
La spettrometria di massa è in grado di rilevare varie proteine di differenti masse in un campione. Patogeni specifici hanno proteine uniche, e la massa relativa e l'abbondanza di ogni proteina può talvolta essere utilizzata per identificare un microrganismo. La spettroscopia di massa è solo una delle tante tecnologie innovative che stanno per o sono state sviluppate per il riconoscimento e l'identificazione di agenti per la guerra biologica ed il bioterrorismo. Tuttavia, questo metodo ha applicazioni limitate, in quanto esso, a differenza di altri metodi basati sugli acidi nucleici, non è prontamente adottabile sul campo.
Attualmente, una forma di spettrometria di massa chiamata desorbimento/ionizzazione laser assistito da matrice-tempo di volo (matrix-assisted laser desorption ionization–time of flight [MALDI-TOF]) è stata utilizzata per identificare i batteri (compresi i micobatteri), lieviti, muffe e potenzialmente anche virus. Il vantaggio di questo metodo è che i microrganismi possono essere identificati in < 1 h; i metodi tradizionali possono richiedere da 24 a 48 h.
