口の中の変色は以下のような原因でおこることがあります。
全身の病気（全身性疾患）
口の中の状態
口の中の変色の原因となりうる全身の病気には、以下のものがあります。
貧血（赤血球の数が少なくなった状態）では、口の粘膜の色が、正常な人の健康な赤味がかったピンク色ではなく、白っぽくなることがあります。
ウイルス感染症の麻疹（はしか）では、頬の内側に斑点ができることがあります。この斑点はコプリック斑と呼ばれ、赤い輪に囲まれた小さな白い砂粒のような外見をしています。
エイズ患者では、カポジ肉腫による紫色の斑点が口蓋に現れることがあります。
口蓋（口の中の天井部分）に発生する小さな赤色斑（点状出血と呼ばれます）は、血液疾患または伝染性単核球症の徴候の可能性があります。
口の中に色が変わった部分がみられることがありますが、これは問題である場合も、そうでない場合もあります。例えば、口の中に白くなった部分があるように見えることがありますが、これは多くの場合、ただの食べもののかすで、ふき取ることができます。また、頬の内側をかんだり、歯の鋭い部分や歯の詰め物で頬の内側や舌をこすったりしても、白くなった部分（斑）ができることがあります。様々な病気によって、白い斑（真菌感染症［カンジダ症］など）、厚みをもった白い隆起（白色海綿状母斑と呼ばれる遺伝性疾患）、頬の内側に歯に沿って走る白い線（白線）、頬の内側の粘膜の灰白色の領域（白色水腫）などが生じることがあります。
長期間消えない白い斑があるときは、口腔がんの初期徴候である可能性がありますので、必ず医師または歯科医師の診察を受ける必要があります。赤い領域（紅板症と呼ばれます）が存在し続ける場合も、口腔がんの徴候である可能性があります。
口の中の変色の例として、以下のものがあります。
口の中には黒紫色暗紫色または黒色の部分が見られることがあり、その原因は歯の充填剤（詰めもの）の銀アマルガム、鉛筆の黒鉛、またはほくろです。
大量の喫煙によって、「喫煙者のメラニン沈着症」と呼ばれる暗褐色または黒色の変化（通常は歯ぐき）が起こります。
口の中の褐色部分は遺伝性の場合があります。例えば、黒い色素の沈着は、皮膚の色が濃い人や地中海沿岸地方の人に特に多く発生します。
食物色素、加齢、喫煙によって、歯が黒ずんだり黄ばんだりすることがあります。
ミノサイクリンという抗菌薬は骨を変色させ、歯の近くにある骨が灰色や褐色に透けて見えることがあります。妊娠後半期の母親または歯の発達期（特に9歳まで続く歯冠の石灰化時期）の小児がテトラサイクリン系抗菌薬を使用した場合、短期間の使用であっても、小児の歯にはっきりと永久的な黒ずみが生じます。
