肛門は消化管の末端にある開口部で、便が体外に排出されるときの出口になる部分です。
直腸は肛門の上にある消化管の一部で、便が肛門を通って体外に排出されるまで便が蓄えられる部分です。
消化器系
肛門は皮膚を含む体表層と腸管から形成されています。
直腸の内面は、腸管の他の部分と同じように、粘液腺を含んだ輝きのある赤い組織でできています。直腸の内面は痛みに対して比較的鈍感ですが、肛門やその周囲の表皮の神経は痛みに対して非常に敏感です。
直腸と肛門の静脈は、その大半が肝臓につながる門脈に流れ込み、そこから体循環に流れ込みます。それらの静脈の一部は骨盤内の静脈に直接流れ込み、それから体循環に流れ込みます。直腸のリンパ管は下腹部のリンパ節へ流れ込みます。肛門のリンパ管は鼠径部（そけいぶ）のリンパ節に流れ込みます。
肛門は輪状の筋肉（肛門括約筋）によって閉じた状態を保っています。この肛門括約筋は自律神経系によって無意識的に制御されています。しかし、肛門括約筋の一部は意識的に締めたり緩めたりすることができます。
肛門と直腸の異常や病気には以下のものがあります。
肛門と直腸の病気の診断
医師による評価
肛門鏡検査とS状結腸内視鏡検査
ときに、CT検査、またはMRI検査
肛門と直腸の病気を診断するために、医師は、肛門周囲の皮膚に何か異常がないかどうかをよく観察します。医師がゴム製の手袋をつけた指で直腸を触診します。女性の場合、しばしば腟の触診も同時に行われます（婦人科診察を参照）。腹部の診察もしばしば行われます。
次に、長さ約7～25センチメートルの観察用の硬い管状の機器（肛門鏡または直腸鏡）を使って肛門と直腸の中の様子を観察します。続いて、60センチメートル以上奥の大腸の様子を観察できるように、より長い柔軟な管状の機器（S状結腸内視鏡）が挿入されることもあります。
肛門鏡やS状結腸内視鏡による検査（内視鏡検査を参照）では、一般に不快感がありますが、痛みはありません。しかし、異常があるために肛門や肛門周囲に痛みがある場合は、検査を進める前に麻酔薬の軟膏（リドカインなど）を塗るか、局所麻酔や区域麻酔、場合によっては全身麻酔を行うこともあります。S状結腸内視鏡検査の前には、浣腸をして下部大腸から便を取り除くこともあります。
S状結腸内視鏡検査の際には、顕微鏡で調べたり培養したりするために、腸の組織と便のサンプルが採取されることがあります。
