Additivi
Sostanze chimiche sono spesso combinate con gli alimenti per facilitarne la loro lavorazione e la conservazione o per migliorare la loro desiderabilità. Nei cibi preparati in commercio sono permessi esclusivamente i quantitativi di additivi che hanno dimostrato di essere sicuri nei test di laboratorio.
Il confronto dei benefici degli additivi (p. es., riduzione degli sprechi, maggiore varietà dei cibi disponibili, protezione contro le malattie di origine alimentare) con i rischi, spesso risulta complesso. Per esempio, il nitrito, utilizzato nelle carni conservate, inibisce la crescita del Clostridium botulinum e migliora il sapore. Tuttavia, il nitrito si converte in nitrosamine, che sono cancerogene negli animali. D'altra parte, la quantità di nitrito aggiunta alla carne stagionata è piccola se confrontata con la quantità di nitrati presenti naturalmente negli alimenti e convertiti in nitrito dalle ghiandole salivari. La vitamina C assunta con gli alimenti può ridurre la formazione di nitrito nel tratto gastrointestinale.
Di rado, alcuni additivi (p. es., solfiti) causano reazioni di ipersensibilità alimentare (allergia). La maggior parte delle reazioni è causata da alimenti comuni.
Contaminanti
Talvolta limitate quantità di contaminanti sono tollerate negli alimenti perché i contaminanti non possono essere completamente eliminati senza danneggiare i cibi. I contaminanti più frequenti sono i pesticidi, i metalli pesanti (piombo, cadmio, mercurio), i nitrati (nelle verdure a foglie verdi), le aflatossine (nelle nocciole e nel latte), gli ormoni promotori della crescita (nei prodotti caseari e nella carne), i peli e le feci di animali, le parti di insetti.
I livelli di sicurezza stimati secondo l'U.S. Food and Drug Administration (FDA) sono livelli che non hanno causato malattie o effetti avversi nelle persone. Tuttavia, è difficile dimostrare una relazione causale tra livelli di esposizione estremamente bassi ed effetti avversi; gli effetti avversi a lungo termine, sebbene improbabili, possono essere comunque possibili. I livelli di sicurezza normali sono spesso determinati dal consenso piuttosto che da prove solide. I cosiddetti interferenti endocrini nell'ambiente (p. es., insetticidi, petrolchimici, solventi industriali, plastificanti) possono influenzare i sistemi endocrini e alterare i livelli ormonali, causando alterazioni negli organi sessuali, nella funzione immunitaria, nella funzione del sistema nervoso, nella crescita e nello sviluppo, e alcuni tipi di cancro.