Os fármacos são selecionados com base nas características dos fármacos (p. ex., eficácia, perfil de segurança, via de administração e eliminação, frequência de dose e custo) e do paciente (p. ex., idade, sexo, outros problemas médicos, probabilidade de gestação, etnia e outros determinantes genéticos). Outros fármacos que o paciente pode estar tomando também podem influenciar a escolha do fármaco pelo médico. Avaliam-se também os riscos e os benefícios dos fármacos, uma vez que todo fármaco tem algum risco.
A resposta a um fármaco depende em parte das características e dos comportamentos do paciente [p. ex., consumo de alimentos ou suplementos, adesão ao esquema terapêutico e diferenças no metabolismo decorrentes da idade (ver Farmacocinética em pacientes idosos), sexo, raça, polimorfismos genéticos, ou insuficiência renal ou hepática], coexistência de outros transtornos e uso de outros fármacos.
Os erros com fármacos (p. ex., prescrição inapropriada de um fármaco, má interpretação da prescrição e administração incorreta de fármacos) também podem afetar a resposta.