Le amebe a vita libera sono protozoi che vivono liberamente nel terreno o nell'acqua e non necessitano in maniera obbligata di un ospite umano o animale. Raramente causano malattie, in contrasto con l'ameba parassita Entamoeba histolytica, che è una causa comune di infezione intestinale (amebiasi). Le amebe patogene a vita libera appartengono ai generi Acanthamoeba, Balamuthia, Naegleria e Sappinia.
Causano tre sindromi di maggiore entità:
L'Acanthamoeba e la Balamuthia possono anche causare lesioni cutanee o malattia disseminata in soggetti immunocompromessi.
La cheratite amebica da Acanthamoeba è limitata agli occhi e viene trattata localmente. L'encefalite granulomatosa e la meningoencefalite amebica primaria in genere sono fatali, ma alcuni pazienti trattati con miltefosina in combinazione con altri farmaci sono sopravvissuti.