हर दवा में नुकसान (कोई विपरीत दवा प्रतिक्रिया) करने के साथ-साथ अच्छा कार्य करने की संभावना होती है। जब डॉक्टर किसी दवा का सुझाव देने पर विचार करते हैं, तो उन्हें अपेक्षित फ़ायदों के विरुद्ध संभावित नुकसान पर गौर करना चाहिए। किसी दवा का उपयोग तब तक उचित नहीं माना जा सकता जब तक कि उसके अपेक्षित फ़ायदे, संभावित नुकसान से अधिक न हों। डॉक्टरों को दवा को रोके रखने के संभावित नतीजे पर भी विचार करना चाहिए। संभावित फ़ायदों और नुकसानों का निर्धारण गणितीय सटीकता के साथ कभी भी नहीं किया जा सकता।
किसी दवा का सुझाव देने के फ़ायदों और जोखिमों का आकलन करते समय डॉक्टर, इलाज किए जा रहे विकार की गंभीरता और व्यक्ति के जीवन की गुणवत्ता पर हो रहे उसके प्रभाव पर विचार करते हैं। उदाहरण के लिए, अपेक्षाकृत हल्के विकारों—जैसे खाँसी और सर्दी, माँसपेशियों में खिंचाव, या कभी-कभी सिरदर्द के लिए विपरीत दवा प्रतिक्रियाओं का केवल बहुत कम जोखिम स्वीकार्य होता है। ऐसे लक्षणों के लिए, बिना पर्चे वाली दवाएँ आमतौर पर प्रभावी और सहनीय होती हैं। निर्देशों के अनुसार उपयोग किए जाने पर हल्के विकारों का इलाज करने के लिए प्रयुक्त बिना पर्चे वाली दवाओं में सुरक्षा का काफ़ी अंतर अधिक होता है (सामान्य प्रभावी खुराक और उस खुराक का अंतर जो गंभीर विपरीत दवा प्रतिक्रियाएं उत्पन्न करती है)। विरोधाभास के रूप में, गंभीर या जीवन के लिए घातक विकारों (जैसे दिल का दौरा, आघात, कैंसर या अंग प्रत्यारोपण असंगतता) के लिए, गंभीर विपरीत दवा प्रतिक्रिया का अत्यधिक जोखिम आमतौर पर अधिक स्वीकार्य होता है।
जीवन की गुणवत्ता और इस बारे में व्यक्तियों के अलग-अलग दृष्टिकोण हो सकते हैं कि वे किन जोखिमों को उठाने के लिए तैयार हैं। उदाहरण के लिए, कुछ लोग जीवन को लंबा करने की बहुत थोड़ी संभावना हेतु बदले में किसी विशिष्ट कैंसर कीमोथैरेपी के विपरीत प्रभावों को स्वीकार करने के लिए दूसरे लोगों से अधिक तैयार हो सकते हैं। लोग इस बारे में भी अंतर रखते हैं कि वे जोखिम की कितनी बड़ी संभावना को स्वीकार करने के लिए तैयार हैं। उदाहरण के लिए, किसी दवा से गंभीर खून के रिसाव की 50 में से 1 संभावना कुछ लोगों को अस्वीकार्य हो सकती है, जबकि दूसरों को वाजिब लग सकती है।
(चिकित्सकीय उपचार के निर्णय भी देखें।)