Выбор препарата необходимо проводить с учетом его характеристик (например, эффективности, профиля безопасности, путей введения, путей элиминации, частоты приема, стоимости) и индивидуальных особенностей пациента (например, возраста, пола, других медицинских проблем, вероятности наступления беременности, этнической принадлежности и других генетических факторов). Другие лекарственные средства, которые пациент может принимать, также могут влиять на выбор препарата врачом. Всегда нужно оценивать соотношение риска и пользы, поскольку назначение любого препарата сопряжено с определенным риском.
Ответ на фармакотерапию частично зависит от характеристик конкретного пациента и от его поведения и привычек (например, употребления определенных продуктов питания и пищевых добавок, следования предписанному режиму дозирования препарата, различия в обмене веществ в зависимости от возраста [см. Фармакокинетика у пожилых пациентов], пола, расы, генетического полиморфизма, наличия почечной или печеночной недостаточности), иных сопутствующих заболеваний, приема других лекарственных препаратов.
Ошибки при назначении лекарственных средств (выбор неподходящего препарата, ошибочное прочтение рецепта, неправильный прием препарата) также влияют на эффективность лечения.