Pessoas saudáveis vivem em harmonia com a maioria dos micro-organismos que se estabelecem, ou seja, colonizam a superfície ou o interior de locais não estéreis do corpo, como pele, nariz, boca, garganta, intestino grosso e vagina. Esses micro-organismos que geralmente ocupam um lugar particular no corpo são chamados flora habitual. As células da flora habitual superam as próprias células de uma pessoa em 10 para 1. Os micro-organismos que colonizam o corpo humano durante algumas horas ou semanas, sem se estabelecerem de forma permanente, são conhecidos como flora transitória.
A flora habitual compreende diferentes tipos de micro-organismos, de acordo com o lugar onde se encontram. O normal é que algumas zonas do corpo humano se encontrem colonizadas por várias centenas de tipos diferentes de micro-organismos. Fatores do meio ambiente como a dieta, o uso de antibióticos, o saneamento básico, a poluição do ar e os hábitos higiênicos exercem influência no desenvolvimento das espécies que constituem a flora habitual de uma pessoa. Quando ela é temporariamente alterada (por exemplo, ao se lavar a pele ou usar antibióticos), a flora habitual em geral se recupera rapidamente.
Em vez de causar uma doença, a flora habitual costuma proteger o corpo de outros organismos que provocam doenças. Porém, sob determinadas circunstâncias, os micro-organismos que fazem parte da flora habitual de uma pessoa podem provocar uma doença. Tais quadros clínicos incluem:
O uso de antibióticos
Lesão ou cirurgia
Sistema imunológico debilitado (como se verifica em pessoas com infecção por HIV ou câncer, pessoas tomando corticosteroides ou recebendo quimioterapia para câncer)
Quando os antibióticos usados para tratar uma infecção matam uma grande parte de certos tipos de bactéria da flora habitual, outras bactérias habituais ou fungos podem crescer de forma descontrolada. Por exemplo, se mulheres tomarem antibióticos para infecção da bexiga, os antibióticos matam uma parte da flora habitual, permitindo que se multipliquem leveduras na vagina, causando infecção vaginal por leveduras.
Uma lesão ou, às vezes, uma cirurgia pode permitir o ingresso da flora habitual em áreas nas quais não deve haver bactérias e causar infecção. Por exemplo, um corte na pele pode fazer com que flora habitual da pele cause uma infecção debaixo da pele. A cirurgia do intestino grosso às vezes permite que a flora habitual do intestino extravase para áreas estéreis do abdômen causando uma infecção muito grave.
(Consulte também Considerações gerais sobre doenças infecciosas).