Здоровый человек живет в гармонии с микробной флорой, которая помогает защитить ее хозяина от вторжения болезнетворных микроорганизмов, обычно определяемых как микроорганизмы, способные вызвать болезнь. Микрофлора – главным образом бактерии и грибы – включает нормальную резидентную флору, которая присутствует в течение всей жизни и быстро восстанавливается в случае нарушения, и транзиторную флору, которая может колонизировать хозяина в течение часов-недель, но не сохраняется надолго. Микроорганизмы, которые относятся к нормальной флоре, могут иногда вызывать заболевание, особенно когда нарушены защитные силы.
Тем, какой локус организма будет колонизован, определяет тропностью бактерий к определенным тканям. Состав нормальной флоры определяется тропностью бактерий и многими другими факторами (питанием, гигиеной, санитарным состоянием, загрязнением воздуха). Например, лактобациллы распространены в кишечнике людей с высоким потреблением молочных продуктов; Haemophilus influenzae колонизирует трахеобронхиальное дерево у пациентов с ХОБЛ (хронической обструктивной болезнью легких). В результате различные органы или части тела содержат определенные микробные сообщества, образуя отличающиеся по микробному составу и функциям микробиомы.
