性器損傷は大半が男性に起こり、具体的には精巣、陰嚢、陰茎が損傷することがあります。性器損傷は戦場で最も多くみられ、通常は、地上の爆発物によります。
陰茎の外傷にはいくつかのタイプがあります。陰茎が部分的または全体的に切断されることもあります。切断された陰茎は、ときに接合が可能ですが、感覚や機能がどの程度まで回復するかは様々です。勃起を増強するために使用される陰茎リングは、陰茎を強く締めつけて永続的な損傷をもたらす可能性があります。通常は陰茎リングを除去すれば十分です。 人間や動物の咬み傷や銃創などの穿通性外傷は、あまり多くはありませんが、尿道も損傷している場合があります。陰茎と尿道の外傷を治療するには、手術が必要になることもあります。
一部の文化で行われている女性の陰核の切除（女性性器切除）も、性器外傷の一種です。
（尿路と性器の外傷の概要も参照のこと。）
陰茎の切り傷
ズボンのファスナーで陰茎をはさむ事故は、特に小児でよくみられますが、軽い傷であればすぐに治ります。治療では患部を清潔に保つことを目標にし、感染が起きた場合には抗菌薬の使用が必要になります。
ファスナーが陰茎や陰嚢の皮膚に引っかかった場合は、丈夫なワイヤーカッター（ニッパー）を使ってファスナースライダー上端で表裏をつないでいる支柱を切断します。すると、スライダーが2つに割れて、ファスナーの歯のかみ合わせを簡単に外すことができます。
陰茎皮膚からのファスナーの除去
陰茎折症
勃起した陰茎に強い力がかかると、陰茎が折れる可能性があります。例えば、激しい性交中にパートナーの骨盤との間で陰茎に無理な力がかかり、陰茎が折れることがあります。陰茎折症は、尿道損傷を伴うこともあります。陰茎が「折れる」と表現しますが、これは実際には、陰茎内に2本ある管状の構造物（陰茎海綿体と呼ばれ、多量の血液で充血して勃起を維持しています）の片方において、それを覆っている膜（白膜）に裂傷が生じた状態です。
受傷後は直ちに痛み、腫れ、変色が生じ、陰茎が変形して見えます。陰茎の異常な屈曲や永続的な勃起障害を予防するため、通常は折れた部分の修復手術を迅速に行う必要があります。
知っていますか？
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陰嚢と精巣の外傷
陰嚢は外傷を受けやすい位置にあります。鈍い力（足でけられる、何かに打ち付けるなど）による損傷が大半を占めますが、ときに銃弾や刃物が陰嚢や精巣を貫通することもあります。まれに、壊疽（えそ）などの急速に進行する重度の感染症が陰嚢に発生する可能性もあります。壊疽が起きたら、影響が及んでいる組織を手術で取り除き、広域抗菌薬を静脈から投与します。感染がコントロールされたら、再建手術を行うことができます。
精巣の外傷では、激しい痛みが突然現れ、しばしば吐き気や嘔吐もみられます。精巣の打撲は通常、アイスパック、サポーター、および痛みと吐き気を抑える薬で効果的に治療することができます。超音波検査を行い、精巣の破裂が起きていないか確認します。精巣が破裂している場合は、手術で修復します。精巣が損傷すると、精子や性ホルモン（主にテストステロン）を作る精巣の能力が失われることがあります。両側の精巣が損傷した場合には、テストステロンの補充が必要になる可能性があります。片側の精巣だけが損傷している場合は、もう一方の精巣だけで体に必要とされるだけのテストステロンを十分に作ることができます。
