Il genere Salmonella è diviso in 2 specie, S. enterica e S. bongori, che comprendono > 2500 sierotipi noti. Alcuni di questi sierotipi hanno delle denominazioni. In tali casi, a volte nell'uso comune viene abbreviato il nome scientifico per includere solo il genere e il sierotipo; per esempio, S. enterica, sottospecie enterica, il sierotipo Typhi è abbreviato a Salmonella Typhi.
Il genere Salmonella può anche essere diviso in 3 gruppi in base all'adattamento del batterio all'ospite umano:
Quelli perfettamente adattati all'uomo e che non hanno altri ospiti se non l'uomo: questo gruppo comprende S.Typhi e S. Paratyphi tipi A, B (chiamato anche S. Schottmülleri), e C (chiamato anche S. Hirschfeldii), che sono patogeni solo negli esseri umani e causano comunemente febbre enterica (tifoidea).
Quelli adattati a ospiti non umani o che causano malattia quasi esclusivamente negli animali: alcuni ceppi all'interno di questo gruppo, S. Dublin (bestiame), S. Arizonae (rettile) e S. Choleraesuis (suino), possono causare anche malattie negli esseri umani.
Quelli con un ampio range di ospite: questo gruppo comprende > 2000 sierotipi (p. es., S. enteritidis, S. typhimurium) che sono causa di gastroenteriti da salmonella e sono responsabili dell'85% di tutte le infezioni da Salmonella negli Stati Uniti.
