स्वस्थ लोग ज़्यादातर सूक्ष्मजीवों के साथ सद्भाव में रहते हैं जो शरीर के (उपनिवेश) जीवाणु के रहने वाले हिस्सों, जैसे त्वचा, नाक, मुंह, गले, बड़ी आंत और योनि में खुद घर बसा लेते हैं। सूक्ष्मजीव जो आमतौर पर एक विशेष शरीर पर अलग-अलग जगह पर कब्जा करते हैं, उन्हें निवासी वनस्पति कहा जाता है। निवासी वनस्पतियों की कोशिकाएं किसी व्यक्ति की अपनी कोशिकाओं से 10 से 1 तक अधिक होती हैं। सूक्ष्मजीव जो घंटों से हफ़्तों तक लोगों पर बने रहते हैं, लेकिन खुद को स्थायी रूप से स्थापित नहीं करते, उन्हें क्षणिक वनस्पति कहा जाता है।
हर साइट पर निवासी वनस्पतियों में कई अलग-अलग प्रकार के सूक्ष्मजीव शामिल होते हैं। कुछ जगहों पर आम तौर पर, कई सौ अलग-अलग प्रकार के सूक्ष्मजीव डेरा जमाकर रहते हैं। पर्यावरणीय कारक, जैसे आहार, एंटीबायोटिक उपयोग, स्वच्छता की स्थिति, वायु प्रदूषण और स्वच्छता की आदतें इस बात को प्रभावित करती हैं कि कौन सी प्रजातियां किसी व्यक्ति के लिए निवासी वनस्पति होती है। यदि अस्थायी रूप से परेशान किया जाता है (उदाहरण के लिए, त्वचा को धोने या एंटीबायोटिक्स का उपयोग करके), निवासी वनस्पति आमतौर पर तुरंत खुद को फिर से स्थापित करती है।
बीमारी पैदा करने के बजाय, निवासी वनस्पति अक्सर रोग पैदा करने वाले जीवों के खिलाफ शरीर की रक्षा करती है। हालांकि, कुछ शर्तों के तहत, सूक्ष्मजीव जो किसी व्यक्ति के निवासी वनस्पतियों का हिस्सा हैं, बीमारी का कारण बन सकते हैं। इन स्थितियों में ये शामिल हैं
एंटीबायोटिक्स का उपयोग
चोट या सर्जरी
एक कमजोर प्रतिरक्षा प्रणाली (जैसा कि एड्स या कैंसर वाले लोगों में होता है, कॉर्टिकोस्टेरॉइड लेने वाले लोग, और कैंसर कीमोथेरेपी प्राप्त करने वाले लोग)
जब संक्रमण के इलाज के लिए उपयोग किए जाने वाले एंटीबायोटिक्स निवासी वनस्पतियों के कुछ प्रकार के बैक्टीरिया के एक बड़े अनुपात को मारते हैं, तो अन्य निवासी बैक्टीरिया या फ़ंगी अनियंत्रित रूप से बढ़ सकते हैं। उदाहरण के लिए, यदि महिलाएँ मूत्राशय के संक्रमण के लिए एंटीबायोटिक्स लेती हैं, तो एंटीबायोटिक्स कुछ निवासी वनस्पतियों को मारते हैं, जिससे योनि में यीस्ट कई गुना बढ़ जाता है और संक्रमण का कारण बनता है।
चोट या कभी-कभी सर्जरी निवासी वनस्पतियों को उन क्षेत्रों में प्रवेश करने की अनुमति दे सकती है जिनमें बैक्टीरिया नहीं होने चाहिए और संक्रमण का कारण बनता है। उदाहरण के लिए, त्वचा पर एक कट निवासी त्वचा वनस्पतियों द्वारा त्वचा के नीचे संक्रमण पैदा करने की संभावना बना सकता है। बड़ी आंत की सर्जरी से कभी-कभी आंत में निवासी वनस्पतियां पेट में जीवाणुरहित क्षेत्रों में फैल जाते हैं और बहुत गंभीर संक्रमण का कारण बन जाते हैं।
(संक्रामक रोग का विवरण भी देखें।)
