Las personas sanas conviven en armonía con la flora microbiana, que les ayuda a protegerse de la invasión de los patógenos; por lo general, éstos se definen como aquellos microorganismos capaces de causar enfermedad. La flora microbiana está formada principalmente por bacterias y hongos, e incluye a la flora residente normal, que está presente siempre y se reestablece rápidamente si se produce una alteración, y la flora transitoria capaz de colonizar al huésped durante horas a semanas, pero que no se establece de manera permanente. En ocasiones, los microorganismos que forman parte de la flora normal pueden causar enfermedades, especialmente cuando se alteran los mecanismos de defensa.
El tropismo o la atracción por determinados tejidos determina qué partes del cuerpo colonizan los microorganismos. La flora normal está influida por el tropismo y por muchos otros factores (p. ej., la dieta, la higiene, las condiciones sanitarias, la contaminación del aire). Por ejemplo, los lactobacilos son frecuentes en el intestino de las personas que ingieren muchos productos lácteos; el Haemophilus influenzae coloniza el árbol traqueobronquial de los pacientes con enfermedad pulmonar obstructiva crónica. Como consecuencia los diferentes hábitats corporales contienen numerosas comunidades microbianas, formando microbiomas que difieren en composición y función microbiana.
