Uma pessoa sadia vive em harmonia com a flora microbiana que ajuda a proteger seu hospedeiro da invasão por patógenos, geralmente definidos como microrganismos capazes de causar doença. A flora microbiana é composta, principalmente, de bactérias e fungos, incluindo a flora residente normal, que se encontra consistentemente presente e que se restabelece com prontidão quando alterada, e a flora transitória, que pode colonizar o hospedeiro por horas a semanas, mas não se estabelece permanentemente. Organismos que pertencem à flora normal podem causar doença ocasionalmente, em especial quando as defesas estão alteradas.
Tropismos (atrações por certos tecidos) determinam os locais do corpo que serão colonizados pelos microrganismos. A flora normal é influenciada pelo tropismo e por muitos outros fatores (p. ex., dieta, higiene, condições sanitárias, poluição do ar). Por exemplo, lactobacilos são comuns no intestino de pessoas com alta ingestão de laticínios; Haemophilus influenzae coloniza a árvore traqueobrônquica em pacientes com doença pulmonar obstrutiva crônica. Como resultado, diferentes habitats do corpo contêm comunidades microbianas, formando microbiomas que diferem em termos de composição e função microbiana.
