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Salmonella属はS. entericaとS. bongoriの2菌種に分類され,2500を超える血清型が知られている。これらの血清型の一部には名前が付けられている。そのような場合によく用いられる慣用法は,属名と血清型だけが含まれるように学名を短縮するというもので,例えばS. enterica,亜種enterica,血清型Typhiは,Salmonella Typhiと短縮される。
Salmonella属細菌は,宿主ヒトに対する菌の適応性に基づいて3つの群に分けられることもある:
ヒト宿主に高い適応性を示し,ヒト以外に宿主をもたない群:この群にはチフス菌(S. Typhi)とパラチフス(S. Paratyphi)A菌,B菌(S. Schottmülleriとも呼ばれる),C菌(S. Hirschfeldiiとも呼ばれる)が含まれ,ヒトのみに病原性を示し,一般的には腸チフスを引き起こす。
ヒト以外の宿主に適応するか,ほぼ動物にのみ疾患を引き起こす群。この群に属する一部の菌株(S. Dublin[ウシ],S. Arizonae[爬虫類],およびS. Choleraesuis[ブタ])はヒトにも疾患を引き起こす。
宿主域の広い群:この群には2000を超える血清型(例,S. Enteritidis,S. Typhimurium)が含まれ,サルモネラ胃腸炎を引き起こし,米国で発生するSalmonella属細菌による感染症の85%を占めている。
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